Trong trường hợp thuế suất ATIGA cao hơn thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi quy định tại Nghị định số  ngày 25/5/2020 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số  ngày 1/9/2016 của Chính phủ về bBiểu thuế xuất khẩu, Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi, Danh mục hàng hóa và mức thuế suất tuyệt đối, thuế hỗn hợp, thuế nhập khẩu ngoài hạn ngạch thuế quan và Nghị định số  ngày 16/11/2017 sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 122/2016/NĐ-CP (Biểu thuế MFN) và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có), thì áp dụng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt bằng 50% thuế suất quy định tại Biểu thuế MFN.

Nghị định nêu rõ, hàng hóa thuộc Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định này sẽ không được hưởng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo Hiệp định Thương mại Việt Nam-Lào khi nhập khẩu vào Việt Nam.