Theo Cục Hải quan Thanh Hóa, năm 2013, Nhà máy ô tô Veam có văn bản đề nghị được giảm thuế NK đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm sau đó bán sản phẩm cho tổ chức, cá nhân khác trực tiếp XK ra nước ngoài. Ngày 20-8-2014, cơ quan Hải quan đã hoàn thuế NK với số tiền thuế trên 8,6 tỷ đồng tương ứng với số nguyên liệu, vật tư NK đã sản xuất, lắp ráp xe thành phẩm đối với trường hợp Nhà máy ô tô Veam thông qua đại lý bán sản phẩm cho DN khác để trực tiếp XK.

Đến nay, Nhà máy ô tô Veam tiếp tục gửi hồ sơ hoàn thuế NK cho hàng hóa là linh kiện ô tô NK sau khi đưa vào sản xuất, lắp ráp thành xe thành phẩm và đã thực XK sản phẩm ra nước ngoài.

Được biết với các linh kiện Nhà máy ô tô Veam NK đã được lắp ráp và thực xuất ra nước ngoài. DN bán hàng, DN mua hàng thực hiện nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, DN đã đăng ký và được cấp mã số thuế; có hóa đơn bán hàng đối với việc mua bán hàng hóa giữa DN.

Tuy nhiên, Cục Hải quan Thanh Hóa cho biết, Điểm C7, Khoản 5, Điều 114; Khoản 6, Điều 119 Thông tư 38/2013/TT-BTC quy định: “DN NK nguyên liệu, vật tư sản xuất sau đó bán sản phẩm cho DN khác để trực tiếp XK ra nước ngoài…” thì được xét hoàn thuế; không quy định đối với trường hợp bán sản phẩm cho DN khác, sau đó lại bán tiếp cho DN khác rồi mới XK ra nước ngoài.

Với các quy định trên, Cục Hải quan Thanh Hóa lúng túng trong việc xét hoàn thuế và báo cáo Tổng cục Hải quan xem xét giải quyết hoàn thuế NK còn lại tương ứng với số lượng linh kiện, vật tư NK đã sản xuất, lắp ráp thành sản phẩm XK của Nhà máy ô tô Veam. Số tiền trên 2,7 tỷ đối với 2 trường hợp: Nhà máy ô tô Veam thông qua đại lý bán sản phẩm cho DN khác trực tiếp XK và Nhà máy ô tô Veam thông quan đại lý bán sản phẩm cho DN khác sau đó, lại bàn tiếp cho DN khác rồi mới XK.