Việt Nam công nhận và thiết lập quan hệ ngoại giao cấp Đại sứ với Slovenia từ tháng 6 năm 1994. Kể từ đó hai bên đã bắt đầu trao đổi một vài đoàn cấp cao.

Thương mại song phương Việt Nam - Slovenia gần đây đã có những bước tăng trưởng vượt bậc: Tổng kim ngạch hai chiều từ chỗ chỉ vào khoảng 2,88 triệu USD năm 2002 đã tăng lên đến 46,12 triệu USD năm 2012, tương đương với mức tăng gấp 16 lần. Đặc biệt kim ngạch của Việt Nam xuất khẩu sang Slovenia tăng liên tục trong vòng 10 năm, đạt đến 35,44 triệu USD năm 2012. Các mặt hàng xuất khẩu chính của Việt Nam sang Slovenia: Hải sản; Cà phê; Gạo; Túi sách, va li, mũ, ô dù; Giày dép; Dệt may; Gỗ và sản phẩm gỗ; Sản phẩm mây, tre, cói thảm.

Hiện nay, Việt Nam và Slovenia đang tiến hành đàm phán Hiệp định Hợp tác kinh tế để tạo cơ sở pháp lý thúc đẩy hơn nữa trao đổi thương mại và đầu tư song phương. Sáng ngày 24 tháng 04 năm 2013, Vụ trưởng Vụ Thị trường Châu Âu - Ông Đặng Hoàng Hải đã tiếp và làm việc với ông Marjan Cencen, Tổng Vụ trưởng Vụ hợp tác song phương - Bộ Ngoại giao Slovenia với mục đích đi đến thông nhất về mặt nội dung Hiệp định để có thể nhanh chóng xác định thời điểm ký kết.

Bên cạnh đó, hai bên cũng trao đổi tình hình kinh tế xã hội của hai nước, đồng thời bàn bạc các lĩnh vực cụ thể có khả năng phát triển hợp tác. Phía Slovenia bày tỏ mong muốn thúc đẩy hợp tác với Việt Nam trong các lĩnh vực như quản lý nước và chất lượng nước, công nghệ sinh học, công nghệ nano, vận tải và logistics. Phía Việt Nam cũng nhấn mạnh cần có những đề xuất cụ thể trong các lĩnh vực hợp tác, đặc biệt là những lĩnh vực Slovenia có thế mạnh như quản lý rừng và chế biến gỗ.

Hiệp định Hợp tác kinh tế Việt Nam - Slovenia nếu được ký kết sẽ là bước ngoặt đánh dấu sự phát triển vượt bậc trong quan hệ ngoại giao giữa hai nước, đồng thời thúc đẩy hơn nữa hợp tác phát triển thương mại, công nghiệp, đầu tư song phương.