Theo đó, cơ chế hải quan một cửa quốc gia là một hệ thống tích hợp, bao gồm: Cổng thông tin một cửa quốc gia, hệ thống thông quan của cơ quan hải quan, các hệ thống cấp phép của Bộ Công Thương, hệ thống thông tin của Bộ Giao thông vận tải và các hệ thống công nghệ thông tin khác (hay còn gọi là các hệ thống xử lý chuyên ngành).

Các giao dịch điện tử được thực hiện trên Cơ chế hải quan một cửa quốc gia (giao dịch điện tử) bao gồm: Khai, nhận phản hồi thông tin về việc xử lý hồ sơ để thực hiện thủ tục hành chính một cửa trên Cổng thông tin một cửa quốc gia; tiếp nhận và chuyển thông tin khai từ Cổng thông tin một cửa quốc gia tới các hệ thống xử lý chuyên ngành; nhận kết quả xử lý từ các hệ thống xử lý chuyên ngành tới Cổng thông tin một cửa quốc gia; trao đổi thông tin giữa các hệ thống xử lý chuyên ngành thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia,v.v...

Cũng theo các quy định tại Thông tư liên tịch số 84/2013/TTLT-BTC-BCT-BGTVT, Cổng thông tin một cửa quốc gia thực hiện các chức năng cụ thể như: Tiếp nhận chứng từ hành chính hải quan một cửa và các thông tin có liên quan, xác thực chữ ký số của người khai, của các cơ quan xử lý gửi tới dưới dạng điện tử; chuyển chứng từ hành chính hải quan một cửa, thông tin khác của người khai đến hệ thống xử lý chuyên ngành (bao gồm cả chữ ký số trong trường hợp người khai sử dụng chữ ký số) đồng thời lưu trữ thông tin từ người khai trên Cổng thông tin một cửa quốc gia nhằm mục đích tra cứu, thống kê; tiếp nhận thông báo từ hệ thống xử lý chuyên ngành; trả các chứng từ hành chính hải quan một cửa cho người khai (bao gồm cả chữ ký số trong trường hợp các hệ thống xử lý chuyên ngành sử dụng chữ ký số); phản hồi kết quả xử lý của các Bộ tới các hệ thống xử lý chuyên ngành có liên quan,v.v...

Nguyên tắc hoạt động của Cổng thông tin một cửa quốc gia phải đảm bảo tuân thủ các quy định của pháp luật chuyên ngành, pháp luật về bảo vệ bí mật nhà nước, bảo vệ bí mật thương mại, bí mật kinh doanh đối với các giao dịch điện tử được thực hiện trên Cổng thông tin một cửa quốc gia; đảm bảo tính chính xác, khách quan, đầy đủ và kịp thời của các giao dịch điện tử được thực hiện trên Cổng thông tin một cửa quốc gia.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 28 tháng 8 năm 2013.

Chi tiết Thông tư xem tại đây.