Theo số liệu thống kê của Tổng Cục Hải quan Việt Nam công bố, tổng kim ngạch thương mại song phương giữa Việt Nam và Malaixia năm 2016 đạt 8,457 tỷ USD, tăng 8,7% so với năm 2015, trong đó xuất khẩu của Việt Nam sang Malaixia đạt 3,343 tỷ USD, giảm 6,7% và nhập khẩu của Việt Nam từ Malaixia 5,114 tỷ USD, tăng 21,8%.