- Giám đốc Trung tâm chịu trách nhiệm trước Cục trưởng về toàn bộ hoạt động của Trung tâm. Thực hiện nhiệm vụ Chủ tịch các Hội đồng: Lương; Tuyển dụng viên chức; Thi đua khen thưởng, kỷ luật và một số hội đồng khác. Thực hiện nhiệm vụ chủ đầu tư các dự án xây dựng và phát triển của Trung tâm.
- Lập kế hoạch và định hướng chiến lược cho Trung tâm, quản lý và chỉ đạo chung các công việc về hành chính, tổng hợp, tổ chức nhân sự, quản trị tài chính. Chỉ đạo chung các công việc về công tác chuyên môn như vận hành các hệ thống công nghệ thông tin, hạ tầng xác thực thông tin giao dịch trong thương mại điện tử, hệ thống chứng thư điện tử trong hoạt động thương mại, chương trình Ngày mua sắm trực tuyến – Online Friday.