Tại phiên họp đầu tiên của Hội đồng CPTPP, các Bộ trưởng đã thảo luận và thông qua Quyết định về cơ chế hoạt động của Hội đồng CPTPP. Nội dung cơ bản của Quyết định này như sau:

Các nước thành viên CPTPP thống nhất sẽ bổ nhiệm Chủ tịch Hội đồng CPTPP với nhiệm kỳ 01 năm bắt đầu từ năm 2020. Vai trò Chủ tịch Hội đồng sẽ được luân phiên giữa các thành viên theo thứ tự phê chuẩn Hiệp định. Hỗ trợ cho Chủ tịch Hội đồng CPTPP là hai Phó Chủ tịch (là Chủ tịch của nhiệm kỳ trước đó và Chủ tịch của nhiệm kỳ tiếp theo).

Căn cứ nguyên tắc này, Chủ tịch Hội đồng CPTPP từ năm 2020 sẽ bắt đầu từ Mê-hi-cô, tiếp theo là Nhật Bản, Xinh-ga-po, Niu Di-lân, Ca-na-đa, Ốt-xtrây-lia và Việt Nam. Như vậy, Việt Nam sẽ đảm nhận vai trò Chủ tịch Hội đồng CPTPP vào năm 2026 và Phó Chủ tịch CPTPP vào năm 2025 và 2027.

Riêng năm 2019 do được coi là giai đoạn chuyển tiếp của việc đưa Hiệp định vào thực thi nên các nước đã nhất trí cử Nhật Bản làm Chủ tịch Hội đồng CPTPP. Ngoài ra, các nước cũng đồng ý để Nhật Bản phối hợp với Niu Di-lân (với tư cách là nước lưu chiểu) và Mê-hi-cô (là nước giữ vai trò Chủ tịch của nhiệm kỳ tiếp theo) xây dựng chương trình hoạt động của Hội đồng và các Ủy ban CPTPP trong năm 2019.

Để thúc đẩy việc thực thi Hiệp định, Niu Di-lân sẽ đăng cai tổ chức phiên họp lần thứ hai Hội đồng CPTPP và các Uỷ ban vào nửa sau của năm 2019.

Ngoài ra, các nước cũng thống nhất rằng trong năm 2019, những nước chưa phê chuẩn Hiệp định vẫn có thể tham gia các phiên họp của Hội đồng, các phiên họp cấp Trưởng đoàn, các Ủy ban chuyên môn và Nhóm công tác đàm phán kết nạp thành viên mới, nếu có.