Đối với thuỷ sản, khoảng 50% số dòng thuế sẽ được xoá bỏ, 50% dòng thuế còn lại cũng sẽ được xoá bỏ trong lộ trình 5 – 7 năm. Theo dự báo, tốc độ tăng trưởng xuất khẩu của một số ngành nông sản sẽ tăng đáng kể cho tới năm 2025 nhờ EVFTA, ví dụ như gạo (tăng thêm 65% vào năm 2025), đường (8%), thịt lợn (4%), lâm sản (3%), thịt gia súc gia cầm (4%), đồ uống và thuốc lá (5%). Ở một khía cạnh khác, hội nhập cũng tạo thêm việc làm giúp người nông dân chuyển đổi từ nông nghiệp sang các lĩnh vực khác, góp phần cải thiện đời sống cho người nông dân.

Một cơ hội khác mà Hiệp định EVFTA mang lại cho ngành nông nghiệp Việt Nam là việc thu hút các dự án đầu tư trong lĩnh vực nông nghiệp, giúp chuyển giao công nghệ, cách thức tổ chức sản xuất trong lĩnh vực nông nghiệp, từ đó giúp tăng sản lượng, chất lượng nông sản, giúp nông sản Việt Nam tiến dần tới các tiêu chuẩn khắt khe của thị trường châu Âu.

Tuy nhiên, để nắm bắt được các cơ hội này không phải là dễ dàng. Cửa đã mở nhưng để có thể thông hành, hàng nông sản của ta còn cần phải vượt qua nhiều rào cản như hàng rào kỹ thuật của EU về nguồn gốc xuất xứ, chất lượng sản phẩm, hay vấn đề bảo hộ sở hữu trí tuệ…

Với tính chất sản xuất nông nghiệp còn manh mún, nhỏ lẻ, người nông dân và doanh nghiệp trong lĩnh vực nông nghiệp lại càng phải chủ động đẩy mạnh nâng cao năng lực sản xuất và chất lượng sản phẩm, tìm kiếm thị trường, xây dựng thương hiệu cho sản phẩm nông sản Việt Nam.