Đề xuất này nhằm giải quyết vấn đề trong những năm gần đây khi các nước thành viên sử dụng một loạt các biện pháp tự vệ và khẩn cấp nhằm hạn chế các sản phẩm biến đổi gen.

Đề xuất này sẽ được trình lên Nghị viện châu Âu và các nước thành viên để tiếp tục xem xét, phê chuẩn. Hành động này của Ủy ban châu Âu làm dấy lên một số quan ngại về vai trò và tác động của “một tiếng nói chung” trong chính sách thương mại trong toàn EU.

Bộ Thương mại Hoa Kỳ rất thất vọng đối với đề xuất này của EU và cho rằng nhiều khả năng việc này sẽ vi phạm các cam kết của Liên minh châu Âu trong WTO và các cam kết quốc tế khác.

Theo quy định, bất kỳ nước thành viên WTO nào cũng có quyền yêu cầu đánh giá sự phù hợp của biện pháp này đối với các quy định của WTO. Trên thực tế, cũng liên quan đến các sản phẩm biến đổi gen, EU đã từng vi phạm các quy định của WTO trong một vụ việc liên quan đến sản phẩm công nghệ sinh học vào năm 2003 (EC – Biotech). Quy trình phê duyệt phức tạp đối với các sản phẩm biến đổi gen và việc áp dụng biện pháp phòng vệ thương mại của một số nước thành viên EU đã gây ảnh hưởng nghiêm trọng tới việc nhập khẩu và thương mại hóa của một số sản phẩm. Trong vụ việc năm 2003, Ban Điều trần của WTO cho rằng, EU đã vi phạm các quy định của Hiệp định Vệ sinh an toàn thực phẩm và kiểm dịch động thực vật (SPS) do áp dụng một lệnh cấm không chính thức (de facto moratorium) dẫn tới việc chậm trễ thông qua các sản phẩm sinh học.

Ban Điều trần của WTO dự kiến sẽ xem xét các nội dung liên quan đến đề xuất mới của EU hiện nay đối với việc nhập khẩu các sản phẩm biến đổi gen. Mặc dù các biện pháp EU đưa ra không trực tiếp liên quan đến SPS, tuy nhiên việc các nước thành viên áp dụng đề xuất mới này có thể dẫn đến các hệ quả tương tự như trường hợp đối với các sản phẩm sinh học (EC Biotech) đã xảy ra vào năm 2003. Bên cạnh đó, việc hạn chế nhập khẩu của các nước không nhất thiết phải dựa trên các loại trừ liên quan đến sức khỏe con người, bảo vệ môi trường mà việc quản lý nhập khẩu chỉ cần thực hiện trên nguyên tắc đảm bảo không mâu thuẫn đối với các quy định về đánh giá rủi ro của EU (đánh giá rủi ro được thực hiện bởi Ủy ban an toàn thực phẩm châu Âu – EFSA).

Đề xuất của EU cũng có thể bị cho là vi phạm Điều XI của Hiệp định Chung về Thuế quan và Thương mại (GATT), trong đó không cho phép các thành viên áp dụng lệnh cấm hoặc hạn chế nhập khẩu. Tuy nhiên, EU có thể dựa vào Điều XX (Các trường hợp loại trừ) của Hiệp định GATT về bảo vệ sức khỏe con người, động thực vật và bảo tồn các nguồn tài nguyên thiên nhiên dễ bị cạn kiệt để lý giải cho việc áp dụng quy định mới này. Bên cạnh đó, EU cho rằng Điều XX của GATT cho phép các nước áp dụng các biện pháp hạn chế bằng các quy định kỹ thuật thông qua Hiệp định về SPS hoặc TBT.

Đề xuất này của EU được cho là đang tạo ra xu hướng bảo hộ chặt chẽ trong khu vực, nhưng ngược lại, cũng có thể tạo ra nhiều áp lực đối với chính thị trường nội địa của EU. Đối với một thị trường phụ thuộc nhiều vào nhập khẩu như EU thì khi giá thành sản phẩm tăng cao, việc sử dụng nguồn nguyên liệu từ biến đổi gen (thường có giá thành thấp hơn) không được huyến khích sẽ gây ra rất nhiều khó khăn đối với cả người sản xuất và người tiêu dùng.