Mục tiêu của Hiệp định nhằm tăng cường hội nhập kinh tế và thúc đẩy phát triển bền vững trong khu vực. Nội dung toàn diện về Thương mại của Hiệp định sẽ giúp mở cửa thị trường hàng hóa, mua sắm chính phủ, dịch vụ và đầu tư cho cả hai bên. Nhờ đó sẽ tạo ra môi trường đầu tư kinh doanh thuận lợi, dễ dự báo và có các cam kết cao hơn các cam kết của hai bên trong WTO.

Hiệp định cũng thiết lập cơ chế giải quyết các vấn đề liên quan tới thương mại và xây dựng cách thức minh bạch để giải quyết tranh chấp thương mại. Chương về Thương mại của hiệp định bao gồm các điều khoản liên quan tới nhân quyền, cũng như các cam kết về tiêu chuẩn người lao động và bảo vệ môi trường đảm bảo cho phát triển bền vững.

Các nước Trung Mỹ dường như sẽ hưởng lợi nhiều hơn từ hiệp định. Chủ yếu là do quy mô kinh tế của các nước Trung Mỹ chỉ chiếm ít hơn 1% của GDP EU. Nền kinh tế Trung Mỹ dự kiến sẽ tăng trên 2,5 tỉ euro một năm khi hiệp định được áp dụng đối với toàn khu vực.

EU là đối tác thương mại lớn thứ 2 của Trung Mỹ. Năm 2012, tổng kim ngạch thương mại 2 chiều đạt 14 tỉ euro, trong đó thương mại với Ôn-đu-rát đạt 1,4 tỉ euro, Pa-na-ma đạt 1,2 tỉ euro, và 0,4 tỉ euro với Ni-ca-ra-goa.

Các nước Trung Mỹ chủ yếu xuất khẩu các sản phẩm nông sản và thủy hải sản (cà phê, chuối, dứa, đường và thủy sản) và một số sản phẩm công nghiệp khác. EU chủ yếu xuất khẩu các sản phẩm y tế, xăng dầu, ô tô và máy móc.

Hiệp định Liên kết bao gồm 3 trụ cột: Đối thoại Chính trị, Hợp tác và Thương mại nhằm mục tiêu hỗ trợ tăng trưởng kinh tế, ổn định chính trị và dân chủ. Hiệp định đang trong thời gian chờ được các nước thành viên phê chuẩn nên mới chỉ có trụ cột về thương mại được tạm thời áp dụng. Công ty của hai bên đã có thể bắt đầu hưởng lợi từ Hiệp định.