Các cơ quan Maroc có trách nhiệm quản lý vấn đề kiểm dịch, vệ sinh an toàn thực phẩm gồm có : Bộ Nông nghiệp, Phát triển Nông thôn và Nuôi trồng đánh bắt hải sản, Bộ Y tế, Viện Vệ sinh Dịch tễ Quốc gia, Văn phòng Quốc gia về Vệ sinh An toàn Thực phẩm…

Quản lý kiểm dịch vệ sinh an toàn thực phẩm đối với hoạt động nhập khẩu tại Maroc tập trung vào hai đối tượng chính là sản phẩm động vật và sản phẩm thực vật.

Đối với động vật và sản phẩm có nguồn gốc từ động vật, việc quản lý hàng nhập khẩu là trách nhiệm của các đơn vị chuyên ngành về thú y. Đối với các sản phẩm có nguồn gốc thực vật, Văn phòng Quốc gia về Vệ sinh An toàn Thực phẩm là cơ quan kiểm soát, cấp phép.

Riêng tại các thành phố Casablanca, Tanger và Agadir, có các đơn vị kiểm soát đặt tại cảng và xử lý công việc theo chế độ một cửa. Tại các tỉnh khác sẽ do các đơn vị quản lý thú y hoặc kiểm dịch vệ sinh an toàn thực phẩm trực thuộc Sở Nông nghiệp kiểm tra giám sát.

Dù là hàng hóa có nguồn gốc từ động vật hay thực vật, nhà nhập khẩu bắt buộc phải nộp hồ sơ xin thông quan với sự giám sát chặt chẽ của chức trách kiểm dịch vệ sinh an toàn. Hồ sơ gồm có:

- Đơn xin cấp phép nhập khẩu (theo mẫu, có chữ ký và đóng dấu);

- Giấy chứng nhận vệ sinh kiểm dịch thú y (bản gốc-đối với sản phẩm nguồn gốc động vật);

- Giấy chứng nhận vệ sinh kiểm dịch (bản gốc-đối với sản phẩm nguồn gốc thực vật);

- Bản sao giấy chứng nhận xuất xứ;

- Bản sao Tờ khai hải quan;

- Bản sao hóa đơn thương mại;

- Kê khai danh mục sản phẩm;

- Bản sao Vận đơn;

- Tờ khai đăng ký hồ sơ.

Nhà nhập khẩu nộp hồ sơ theo chế độ một cửa. Mỗi hồ sơ sẽ được cấp một mã số đăng ký và mã số này được sử dụng để dẫn chiếu trong suốt quá trình trao đổi thông tin có liên quan tới hàng hóa giữa nhà chức trách với doanh nghiệp nhập khẩu.

Việc kiểm soát được tiến hành qua công đoạn xét duyệt hồ sơ và kiểm tra thực tế. Hồ sơ được rà soát, đối chiếu các thông tin trong tờ khai của nhà nhập khẩu với các chứng từ có liên quan. Kiểm tra thực tế hàng hóa được tiến hành dưới sự chứng kiến của nhà nhập khẩu, hải quan và chức trách kiểm dịch.

Trong một số trường hợp để chắc chắn về chất lượng sản phẩm và đảm bảo tiêu chuẩn kiểm dịch, chức trách kiểm dịch sẽ lấy mẫu chuyển qua phòng thí nghiệm phân tích. Thời gian chờ kết quả phân tích tùy thuộc vào loại thí nghiệm cần thực hiện và từng loại hàng nhập khẩu.

Quy định của Maroc cho phép nhà nhập khẩu có thể chuyển hàng vào kho trung chuyển phù hợp để tạm trữ trước khi có kết quả thí nghiệm. Trong trường hợp này, nhà nhập khẩu phải được sự cho phép bằng văn bản của nhà chức trách liên quan và phải cam kết chịu trách nhiệm về hàng hóa đó, cũng như có kho trung chuyển tạm trữ với đầy đủ các điều kiện đảm bảo theo quy định.

Nếu kết quả thí nghiệm đảm bảo, chức trách kiểm dịch sẽ cấp giấy chứng nhận cho phép đưa hàng vào lãnh thổ quốc gia. Ngược lại, nếu hàng nhập khẩu không đảm bảo yêu cầu vệ sinh an toàn, chức trách kiểm dịch sẽ ban hành văn bản gửi hải quan không cho thông quan lô hàng, đồng thời gửi bản sao cho nhà nhập khẩu biết.