Theo đánh giá của EC, về lâu dài, Việt Nam sẽ có các lợi ích tích cực khi FTA được ký kết và thực hiện. Các tác động tiêu cực của FTA đối với kinh tế, thương mại, môi trường và điều chỉnh cơ cấu sẽ được xử lý thông qua quá trình giảm thuế quan theo giai đoạn hơn là giảm thuế ngay lập tức và toàn bộ đối với tất cả các lĩnh vực.

Dưới đây là một số các ý kiến thắc mắc của các tổ chức dân sự EU và giải đáp phản hồi của Uỷ ban Châu Âu EC.

Văn phòng bản quyền Châu Âu bày tỏ các khó khăn trong chương về quyền sở hữu trí tuệ (IPR), đặc biệt các vấn đề liên quan tới bản quyền và lo ngại về các hỗ trợ kỹ thuật có được thực thi. EC cho hay các thảo luận về IPR là các thảo luận có nhiều thách thức. Mặc dù Việt Nam đã có khung pháp lý, bao gồm cả các hướng dẫn về chỉ dẫn địa lý (GIs) thì vẫn có những khó khăn nhất định về mặt thực thi. EC cũng đã có những hỗ trợ cụ thể trong khuôn khổ chương trình song phương và đa phương.

Nhóm Eurogroup về Động vật cho rằng Việt Nam là nơi trung chuyển bất hợp pháp của động vật hoang dã, đặc biệt là ngà voi, sừng tê giác, hổ, rùa và các sản phẩm gấu, đã đe dọa đến sự sinh tồn của động vật hoang dã. Tổ chức yêu cầu EC đưa vấn đề này vào chương Phát triển bền vững trong đàm phán FTA và đề cập việc thực thi công ước CITES. Nhóm này cũng bày tỏ lo ngại đối với tình hình đối xử với động vật ở Việt Nam (lợn và gia cầm). Mặc dù các nhà nông trại nhỏ nhìn chung tôn trọng động vật, nhưng vẫn có nhiều vấn đề trong quá trình chuyên chở. Do đó, nhóm này yêu cầu bổ sung vấn đề đối xử với động vật trong chương về SPS. Nhóm cũng yêu cầu quy tắc xuất xứ đối với động vật và thịt.

Ủy ban Châu Âu cho hay trong chương Về phát triển bền vững (TSD) của Hiệp định sẽ bao gồm các cam kết mạnh mẽ của Việt Nam đối với các Hiệp định môi trường đa phương (MEAs), bao gồm CITES. EU cũng hợp tác với Việt Nam trong đàm phán hiệp định đối tác tự nguyện FLEGT. Đối với đối xử động vật, Uỷ ban hướng tới bổ sung điều khoản về hợp tác đối với các vấn đề đối xử động vật trong FTA. Về quy tắc xuất xứ, cả động vật sống và thịt đều sẽ chịu sự điều chỉnh của các quy tắc xuất xứ nhưng hiện nay chưa có các àđm phán cụ thể. Mặc dù trong đàm phán chưa đề cập đến các vấn đề nổi cộm như buôn bán động vật hoang dã bất hợp pháp nhưng vấn đề này có thể sẽ được đưa vào sau này.

Hiệp hội Ngoại thương Châu Âu băn khoăn về khả năng đảm bảo các tiêu chuẩn xã hội và điều kiện cho người lao động ở Việt Nam.

Uỷ ban Châu Âu nhấn mạnh các yếu tố cơ bản của Chương phát triển bền vững là đảm bảo các yêu cầu thiết yếu về lao động nhằm đạt được sự phát triển kinh tế gắn với bảo vệ môi trường và cân bằng xã hội và có yêu cầu tham chiếu đối với các chương trình lao động của ILO. Yêu cầu về an toàn lao động hiện nay được EC đặc biệt quan tâm sau khi xảy ra vụ sập nhà máy may Rana Plaza tại Bangladesh vào tháng 5 vừa qua. Thời gian gần đây, EC thường xuyên tổ chức các phiên điều trần về tình hình quyền của người lao động tại các nước đang phát triển, đặc biệt là tại các nhà máy may ở những nước xuất khẩu dệt may lớn trên thế giới như Bangladesh, Thổ Nhĩ Kỳ, Việt Nam, Hàn Quốc và Pakistan.

Hiệp hội Ngành sản xuất hàng thể thao Châu Âu bày tỏ lợi ích của FTA sẽ phụ thuộc nhiều vào quy tắc xuất xứ. Uỷ ban Châu Âu nhận thức rất rõ điều này nhưng cho biết hiện nay hai bên chưa đi đến đàm phán chi tiết đối với các vấn đề quy tắc xuất xứ.

Hội đồng Thịt và thịt hun khói Đan Mạch băn khoăn liệu FTA của Việt Nam có trở thành bản mẫu cho các đàm phán đối với Thái Lan và Malaysia không.

Uỷ ban Châu Âu giải thích rằng vấn đề của đàm phán là thực chất và thời gian. Singapore có thể là tham chiếu cho ASEAN nhưng cần điều chỉnh theo trình độ phát triển ở từng nước.

Hiệp hội Sữa Châu Âu hỏi về thương mại hàng hoá và về mức độ giảm thuế, đặc biệt đối với các sản phẩm nông nghiệp. Họ cũng yêu cầu Việt Nam quan tâm tới vấn đề chỉ dẫn địa lý.

Uỷ ban Châu Âu cho hay hy vọng sẽ có bản chào nhiều tham vọng từ Việt Nam để đảm bảo đàm phán thuận lợi. Về chỉ dẫn địa lý, Việt Nam có 1 sản phẩm là nước mắm Phú Quốc được EU công nhận chỉ dẫn địa lý. Việt Nam có phàn nàn về lộ trình đăng ký quá lâu và phức tạp. FTA có thể sẽ là phương tiện giúp việc đăng ký chỉ dẫn địa lý đối với các sản phẩm sau này của Việt Nam dễ dàng hơn.