Theo các điều khoản của JAEPA, Úc sẽ nhận được nhiều lợi ích như: (1) 97% hàng xuất khẩu của Úc sang Nhật Bản sẽ được miễn thuế hoặc nhận được các ưu đãi tiếp cận thị trường Nhật Bản khi Hiệp địch có hiệu lực đầy đủ; (2) JAEPA sẽ giảm bớt các rào cản thuế quan đối với sản phẩm nông nghiệp của Úc sang Nhật, đặc biệt là thịt bò (giảm từ 38,5% xuống còn 19,25%); (3) Xóa bỏ các loại thuế đối với sản phẩm khoáng sản, năng lượng xuất khẩu của Úc; (4) Đảm bảo cho các nhà cung cấp dịch vụ của Úc có được những ưu đãi bình đẳng hoặc tốt hơn các cam kết trong các FTA mà Nhật đã ký với các nước khác; (5) Chính phủ hai bên sẽ hỗ trợ để thúc đẩy sự công nhận lẫn nhau đối với các loại bằng cấp chuyên môn; (6) hiệp địch sẽ thúc đẩy đầu tư của Nhật vào Úc, nhất là đối với các doanh nghiệp tư nhân Nhật Bản; (6) Về sở hữu trí tuệ, các nhà sáng chế Úc sẽ được bảo vệ ở mức độ tương đương tiêu chuẩn của Úc khi hoạt động tại Nhật.

Nhật bản hiện là đối tác thương mại lớn thứ 2 của Úc (sau Trung Quốc) với kim ngạch 2 chiều năm 2013 là 70,8 tỷ USD (chiếm hơn 10% tổng kim ngạch thương mại của Úc), trong đó Úc xuất sang Nhật 49,5 tỷ USD. Về đầu tư, Nhật là nhà đầu tư lớn thứ ba tại Úc với giá trị trên 130 tỷ USD, trong khi Nhật là nước nhận nguồn đầu tư lớn thứ 6 của Úc với giá trị trên 50 tỷ USD (năm 2013). Các sản phẩm xuất khẩu chính của Úc sang Nhật là ga tự nhiên hóa lỏng, than đá, quặng sắt, thịt bò, quặng đồng; các sảm phẩm nhập khẩu chính là phương tiện vận tải hành khách, dầu lọc, phương tiện vận tải hàng hóa, dịch vụ vận tải, lốp cao su.

Theo đánh giá của nhiều chuyên gia kinh tế, JAEPA được coi là một hiệp định lịch sử mang lại lợi ích kinh tế cho cả hai bên. Đối với Úc, JAEPA sẽ giúp thúc đẩy tăng trưởng, tạo thêm nhiều việc làm cho nền kinh tế; đưa các ngành sản xuất nông nghiệp như thịt bò, bơ sữa, hải sản... tiếp cận dễ dàng hơn với thị trường Nhật Bản; đồng thời giúp các doanh nghiệp dịch vụ, tài chính, viễn thông, khoáng sản, năng lượng...của Úc thâm nhập thị trường Nhật Bản với giá cạnh tranh hơn. Do kinh tế châu Á tiếp tục có xu hướng tăng trưởng nhanh, nên việc thúc đẩy quan hệ thương mại gắn bó hơn với Nhật Bản sẽ là nhân tố quan trọng để Úc tiếp tục duy trì sự thịnh vượng. Đối với Nhật Bản, JAEPA giúp miễn thuế nhập khẩu vào Úc đối với xe ôtô và linh kiện ôtô, cũng như các mặt hàng điện tử, gia dụng của Nhật Bản, qua đó tạo ra làn sóng đầu tư mới của Nhật Bản tại Úc. JAEPA được Nhật Bản coi là hình mẫu cho các đàm phán về Hiệp định đối tác xuyên Thái Bình Dương (TPP), trong khi đó, Úc coi JAEPA là một trong những minh chứng cho sự thành công của chính sách “ngoại giao kinh tế” hướng về châu Á-Thái Bình Dương.