Đối với Nhật Bản, Hiệp định đối tác kinh tế Việt Nam - Nhật Bản (VJEPA) có hiệu lực từ ngày 01/10/2009 đã đánh dấu bước ngoặt mới trong quan hệ hợp tác kinh tế hai nước. Đây là Hiệp định thương mại tự do song phương đầu tiên của Việt Nam kể từ khi gia nhập WTO và là Hiệp định thương mại tự do thứ 2 mà Việt Nam và Nhật Bản cùng tham gia sau Hiệp định thương mại tự do ASEAN-Nhật Bản (AJCEP) được ký kết từ năm 2008. Hiệp định VJEPA có nội dung toàn diện, bao gồm nhiều lĩnh vực như thương mại hàng hóa, thương mại dịch vụ, đầu tư, cải thiện môi trường kinh doanh, di chuyển thể nhân.

Đối với Hàn Quốc, Việt Nam và Hàn Quốc đều đã tham gia Hiệp định thương mại tự do ASEAN - Hàn Quốc (AKFTA); theo đó, hai nước dành cho nhau nhiều ưu đãi về mở cửa thị trường hàng hóa và dịch vụ. Tuy nhiên, để thúc đẩy hơn nữa quan hệ kinh tế, thương mại giữa hai nước, tháng 8 năm 2012, hai Bên đã tuyên bố khởi động đàm phán Hiệp định thương mại tự do Việt Nam - Hàn Quốc (VKFTA). Đặc biệt, nhân chuyến thăm chính thức Việt Nam của Tổng thống Hàn Quốc vào tháng 9 vừa qua, hai Bên nhất trí về sự cần thiết thúc đẩy đàm phán hướng tới mục tiêu ký kết Hiệp định VKFTA ở mức độ cao và toàn diện trong năm 2014, đồng thời cân nhắc đến chênh lệch về trình độ phát triển giữa hai nước.

Hiệp định VJEPA và Hiệp định AKFTA được triển khai đồng bộ là một trong những nhân tố tích cực giúp cải thiện trao đổi thương mại song phương giữa Việt Nam – Nhật Bản, Việt Nam - Hàn Quốc, trong đó cả xuất khẩu và nhập khẩu của Việt Nam với hai nước này đều tăng.

Việc giảm thuế mạnh mẽ các mặt hàng nông thủy sản của Nhật Bản đã mở ra cho doanh nghiệp Việt Nam cơ hội xuất khẩu vào thị trường Nhật. Nhờ đó, kim ngạch xuất khẩu các mặt hàng này đã được cải thiện đáng kể. Kim ngạch xuất khẩu nông sản sang Nhật Bản năm 2012 đạt trên 285 triệu USD, tăng gần gấp đôi so với năm 2009. Mặc dù kim ngạch xuất khẩu nhóm hàng nông thủy sản của Việt Nam sang Nhật Bản liên tục tăng trong những năm gần đây nhưng đa số các mặt hàng của Việt Nam vẫn chiếm tỷ trọng rất nhỏ so với tổng kim ngạch nhập khẩu của Nhật Bản: gỗ và sản phẩm gỗ chiếm khoảng 3%, cao su khoảng 1,6%, rau quả chỉ chiếm khoảng 1%, v.v... Bên cạnh đó, Hàn Quốc cũng là nước nhập khẩu đáng kể các mặt hàng nông thủy sản từ các nước trên thế giới. Tuy nhiên, thị phần nhập khẩu từ Việt Nam chỉ ở mức dưới 5% trong tổng kim ngạch nhập khẩu của Hản Quốc. Điều này cho thấy, Việt Nam còn có nhiều cơ hội tăng thị phần tại Nhật Bản và Hàn Quốc.

Để thúc đẩy xuất khẩu các mặt hàng nông thủy sản sang Nhật Bản và Hàn Quốc, ngoài vấn đề giảm và tiến tới loại bỏ thuế quan, một vấn đề nữa cần quan tâm là phải phát hiện và loại bỏ hoặc tìm cách vượt qua những rào cản phi thuế của các nước này đối với hàng xuất khẩu của ta. Theo định nghĩa của Nhóm chuyên gia Hỗ trợ liên ngành của Hội nghị Thương mại và Phát triển Liên Hợp Quốc (UNCTAD) thì “Các biện pháp phi thuế quan là các biện pháp chính sách không phải là thuế quan thông thường và có khả năng tạo ra tác động về mặt kinh tế đối với thương mại quốc tế, làm thay đổi khối lượng giao dịch thương mại hoặc làm thay đổi giá cả hoặc cả hai”.

Như vậy, các biện pháp phi thuế quan cũng có khả năng làm cản trở dòng lưu chuyển hàng hóa trong thương mại quốc tế. Tuy nhiên, khác với các biện pháp thuế quan thông thường, các biện pháp phi thuế quan khó có thể lượng hóa được bằng các con số cụ thể và thường gắn với các mục đích về an ninh, y tế, xã hội, v.v... Chính vì vậy, các biện pháp phi thuế quan thường đa dạng hơn, khó xác định hơn, khó lượng hóa được tác động đến thương mại quốc tế hơn và kể cả trong trường hợp có thể xác định được tác động đến trao đổi thương mại cũng khó đấu tranh để yêu cầu nước áp dụng phải dỡ bỏ. Chính vì sự phức tạp và đa dạng của các biện pháp phi thuế quan và khả năng tác động của chúng đến thương mại quốc tế, những biện pháp này được quan tâm và nhắc đến nhiều trong các thể chế thương mại đa phương, khu vực cũng như song phương.

Liên quan đến mặt hàng nông thủy sản, các nước thường áp dụng các biện pháp vệ sinh kiểm dịch và an toàn thực phẩm. Đối với thị trường Nhật Bản, hiện nay, Nhật Bản đang siết chặt kiểm soát về chất lượng một số mặt hàng thuộc nhóm nông thủy sản của Việt Nam. Cụ thể: đối với hàng trái cây, do cách thức bảo quản để tránh côn trùng xâm nhập của Việt Nam vẫn chưa đảm bảo yêu cầu và hiện rất ít trái cây của Việt Nam nhận được giấy chứng nhận nhập khẩu của cơ quan chức năng Nhật Bản; đối với tôm đông lạnh: do Bộ Y tế, Lao động và Phúc lợi Nhật Bản quyết định áp dụng chế độ kiểm tra 100% về chỉ tiêu Ethoxyquin đối với tôm đông lạnh nhập khẩu từ Việt Nam; theo đó giới hạn tối đa là 0,01 ppm.

Đối với thị trường Hàn Quốc, hiện nay, các quy định chặt chẽ về kiểm dịch động thực vật của Hàn Quốc vẫn là rào cản lớn khiến việc xuất khẩu hàng nông sản đặc biệt là trái cây tươi và thịt gia súc, gia cầm của Việt Nam. Cụ thể như các yêu cầu về nuôi trồng, kiểm tra chứng nhận và các biện pháp xử lý tại chỗ; thủ tục đánh giá rủi ro cũng được thực hiện quá dài (sau 5 năm Chính phủ Hàn Quốc hoàn tất quy trình đánh giá rủi ro và cho phép nhập khẩu thanh long từ Việt Nam); hay tiến hành kiểm tra ethoxyquin trong tôm nhập khẩu từ Việt Nam với mức giới hạn để kiểm tra là 0,01 ppm bằng với mức của Nhật Bản đang áp dụng.