Cụ thể, Thông tư số 04/2014/TT-BTC quy định về quy trình thẩm tra quyết toán với các nội dung như: Xem xét tính pháp lý của hợp đồng kiểm toán; đối chiếu nội dung báo cáo kết quả kiểm toán của dự án đối với nội dung kiểm tra báo cáo quyết toán vốn đầu tư hoàn thành quy định tại Chuẩn mực Kiểm toán báo cáo quyết toán vốn đầu tư hoàn thành số 1000; xem xét những ý kiến mà chủ đầu tư không thống nhất với báo cáo kiểm toán của nhà thầu kiểm toán; kiểm tra việc chấp hành các văn bản quy phạm pháp luật, việc chấp hành kết luận của các cơ quan thanh tra, kiểm tra và nhận xét, kiến nghị về quá trình quản lý đầu tư, thực hiện dự án.

Riêng đối với những dự án không thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán, cán bộ thẩm tra có trách nhiệm thẩm tra hồ sơ pháp lý, nguồn vốn đầu tư, chi phí đầu tư của dự án; thẩm tra chi phí đầu tư không tính vào giá trị tài sản (nếu có); thẩm tra xác định giá trị tài sản; công nợ, vật tư thiết bị tồn đọng, v. v... Trường hợp cần thiết, thủ trưởng cơ quan chủ trì thẩm tra quyết toán quyết định việc kiểm tra thực tế tại Ban quản lý dự án và hiện trường xây dựng công trình trong quá trình thẩm tra báo cáo quyết toán dự án hoàn thành.

Sau khi thẩm tra quyết toán, cơ quan thẩm tra quyết toán lập hồ sơ trình duyệt quyết toán dự án hoàn thành để trình người có thẩm quyền phê duyệt. Hồ sơ trình phê duyệt quyết toán gồm có: Báo cáo kết quả thẩm tra quyết toán, dự thảo quyết định phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành và các tài liệu do chủ đầu tư trình (kèm theo).

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 16 tháng 02 năm 2014 và thay thế Quyết định số 56/2008/QĐ-BTC ngày 17/7/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành Quy trình thẩm tra quyết toán dự án hoàn thành đối với các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước. Chi tiết, xem tại đây.